棉花生物学国家重点实验室

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研究队伍

商海红

1、个人简历
    商海红,男,博士,研究员,博士生导师,目前,主要从事棉花分子育种及纤维强度相关基因的克隆与功能验证等工作,以陆地棉的高代重组自交系为材料,利用正向遗传学、功能基因组学细胞学等研究手段,针对棉花纤维比强度性状形成的分子机制的关键科学问题开展相关研究,旨在解析棉花纤维强度性状形成的分子机制,为棉纤维品质改良提供相应理论依据。近年来,先后主持课题7项(自然科学基金青年基金和面上项目各1项,省部级5项),参加转基因重大专项、973、863等10项国家级项目的研究工作;作为主要数据分析人员,全程参与了棉花基因组计划的实施,先后完成了二倍体(雷蒙德氏棉和亚洲棉)和四倍体(陆地棉)基因组图谱构建工作,在Nat Biotechnol、Nat Genet、作物学报等国内外知名学术期刊上发表文章20余篇,其中第一作者(共同)发表SCI论文7篇,出版专著3部,申请专利7项,审定棉花品种3个,2016年中国农科院“科研英才培育工程”院级入选者。

2、教育经历
2006-2009   中国农业科学院   作物遗传育种  博士
2003-2006   西南大学      植物学  硕士
1998-2003   河南科技学院   农学  学士

3、工作经历
2017-至今   中国农业学院棉花研究所郑州科研中心,研究员
2012-2016  中国农业学院棉花研究所郑州科研中心,副研究员
2009-2011  中国农业学院棉花研究所生物技术研究室,助理研究员

4、承担项目
(1)棉花纤维细胞发育的代谢组学研究 (中央公益性专项,1610162016004,201601-201812)
(2)棉花纤维强度主效QTL qFS-4-1的精细定位(棉花生物学国家重点实验室基金,CB2016C03,201501-201512)
(3)陆地棉高比强纤维次生壁加厚期的差异表达基因分析(中央公益性专项,SJB1301,201301-201312)
(4)陆地棉纤维比强度相关功能基因标记开发和eQTL分析(河南省基础前沿项目,142300413202,201401-201512)
(5)棉花纤维强度主效QTL qFS-25-4的精细定位(国家自然基金面上项目,31471538,201501-201812)
(6)陆地棉高比强纤维次生壁加厚期的差异表达基因分析(国家自然基金青年基金,31000732,201101-201312)

5、代表论文与著作
(1)Xiongming Du, Gai Huang, Shoupu He, Zhaoen Yang, Gaofei Sun, Xiongfeng Ma, Nan Li, Xueyan Zhang, Junling Sun, Min Liu, Yinhua Jia, Zhaoe Pan, Wenfang Gong, Zhaohui Liu, Heqin Zhu, Lei Ma, Fuyan Liu, Daigang Yang, Fan Wang, Wei Fan, Qian Gong, Zhen Peng, Liru Wang, Xiaoyang Wang, Shuangjiao Xu, Haihong Shang, Cairui Lu, Hongkun Zheng, Sanwen Huang, Tao Lin, Yuxian Zhu & Fuguang Li. Resequencing of 243 diploid cotton accessions based on an updated A genome identifies the genetic basis of key agronomic traits. Nature genetics, 2018: 1.
(2)Xianyan Zou, Zhang Zhen, Qun Ge, Senmiao Fan, Aiying Liu, Wankui Gong, Junwen Li, Juwu Gong, Yuzhen Shi, Yanling Wang, Ruixian Liu, Li Duan, Kang Lei, Qi Zhang, Xiao Jiang, Shuya Zhang, Tingting Jia, Lipeng Zhang, Haihong Shang*, Youlu Yuan*. Genome-wide identification and analysis of the evolution and expressionpatterns of the cellulose synthase gene superfamily in Gossypium species. Gene, 2018(646):28–38.
(3)Weijie Li†, Haihong Shang†, Qun Ge, Changsong Zou, Juan Cai, Daojie Wang, Senmiao Fan, Zhen Zhang, Xiaoying Deng, Yunna Tan, Weiwu Song, Pengtao Li, Palanga Kibalou Koffi, Muhammad Jamshed, Quanwei Lu, Wankui Gong, Junwen Li, Yuzhen Shi, Tingting Chen, Juwu Gong, Aiying Liu and Youlu Yuan*. Genome-wide identification, phylogeny, and expression analysis of pectin methylesterases reveal their major role in cotton fiber development. BMC genomics, 2016, 17(1): 1000.
(4)Zhang Z†, Shang H†, Shi Y†, et al. Construction of a high-density genetic map by specific locus amplified fragment sequencing (SLAF-seq) and its application to Quantitative Trait Loci (QTL) analysis for boll weight in upland cotton (Gossypium hirsutum.)[J]. BMC plant biology, 2016, 16(1): 79.
(5)Shang H, Wang Z, Zou C, et al. Comprehensive analysis of NAC transcription factors in diploid Gossypium: sequence conservation and expression analysis uncover their roles during fiber development. Science China Life Sciences, 2016, 59(2): 142-153.
(6)Chen T, Zhang L, Shang H, et al. iTRAQ-based quantitative proteomic analysis of cotton roots and leaves reveals pathways associated with salt stress[J]. PloS one, 2016, 11(2): e0148487.
(7)Jamshed M, Jia F, Gong JW, Palanga KK, Shi YZ, Li JW, Shang HH, et al. Identification of stable quantitative trait loci (QTLs) for fiber quality traits across multiple environments in Gossypium hirsutum recombinant inbred line population. BMC Genomics, 2016, 17:197
(8)Li FG#, Fan GY#, Lu CR#, Xiao GH#, Zou CS#, Kohel RJ#, Ma ZY#, Shang HH#, Ma XF#, Wu JH#, et al. Genome sequence of cultivated Upland cotton (Gossypium hirsutum TM-1) provides insights into genome evolution. Nature Biotechnology, 2015, 33(5): 524-530
(9)Zhang Z, Li JW, Muhammad J, Cai J, Jia F, Shi YZ, Gong JW, Shang HH, Liu AY, Chen TT, Ge Q, Palanga KK, Lu QW, Deng XY, Tan YN, Li W, Sun LY, Gong WK, Yuan YL. High Resolution Consensus Mapping of Quantitative Trait Loci for Fiber Strength, Length and Micronaire on Chromosome 25 of the Upland Cotton (Gossypium hirsutum L.) 2015, PLoS ONE 10(8): e0135430.
(10)Li FG#, Fan GY#, Wang KB#, Sun FM#, Yuan YL#, Song GL#, Li Q, Ma ZY, Lu CR, Zou CS, Shang HH, et al. Genome sequence of the cultivated cotton Gossypium arboreum. Nature Genetics, 2014, 46(6): 567-572
(11)Yongbo Wang,Caihong Li,Haihong Shang, Botao Li,Chengbo Li,Aiying Liu, Youlu Yuan, Study of Cotton Matured Fibre Quality and Super-Molecular Structure in Upland Cotton RILs. Fibres & Textiles in Eastern Europe, 2014, 22, 5(107): 28-33
(12)Shang HH, Li W, Zou CS, Yuan YL. Analyses of the NAC Transcription Factor Gene Family in Gossypium raimondii Ulbr.: Chromosomal Location, Structure, Phylogeny, and Expression Patterns. Journal of Integrative Plant Biology, 2013, 55(7): 663-676
(13)Changsong Zou, Cairui Lu, Haihong Shang, Xinrui Jing,Hailiang Cheng,Youping Zhang, Guoli Song, Genome-Wide Analysis of the Sus Gene Family in Cotton, Journal of Integrative Plant Biology, 2013, 55(7): 643-653
(14)Wang Kb, Wang ZW, Li FG, Ye WW, Wang JY, Song GL Yue Z, Cong L, Shang HH, Zhu SL, Zou CS, Li Q, Yuan YL, Lu CR, Wei HL, Gou CY, Zheng ZQ, Yin Y, Zhang XY, Liu K, Wang B, Song C, Shi N, Kohel R, Percy RG, John Z Yu, Zhu YX*, Wang J*, Yu SH*. The draft genome of a diploid cotton Gossypium raimondii. Nature Genetics, 2012, 44(10):1098-1103.
(15)商海红, 于霁雯, 石玉真, 巩万奎, 李俊文, 吴曼, 葛群, 龚举武, 范森淼, 袁有禄*. 棉花优异品质及抗性基因挖掘与分子育种, 棉花学报, 2017, 29(增刊): 62-71.
(16)王中娜, 商海红, 陈婷婷, 巩万奎, 刘爱英, 李俊文, 石玉真, 龚举武, 葛群, 王琳, 李伟2, 李鹏涛, 白志川, 于杰, 袁有禄. 亚洲棉(Gossypium arboreum L.)纤维次生壁加厚期NAC 基因的鉴定与表达分析. 棉花学报, 2016, 28(1):52-64
(17)王琳, 商海红, 李俊文, 王少干, 刘爱英, 石玉真, 龚举武, 巩万奎, 陈婷婷, 袁有禄. 陆地棉果胶甲酯酶GhPME6 的克隆及功能分析. 棉花学报, 2014, 26(5):438-444
(18)李伟, 商海红, 王少干, 范森淼, 李俊文, 刘爱英, 石玉真, 龚举武, 巩万奎, 王涛, 白志川, 袁有禄. 三个陆地棉水孔蛋白基因的克隆与表达分析. 作物学报, 2013, 39(2): 222−229
(19)李付广…商海红…, 棉花体细胞胚胎发生,科学出版社,2017年02月01日
(20)喻树迅 朱玉贤 陈晓亚…商海红…, 棉花纤维发育生物学,科学出版社,2016年08月01日
(21)李付广 袁有禄…商海红…, 棉花分子育种学, 中国农业大学出版社, 2013年05月01日

6、专利
(1)陈婷婷;张雷;袁友禄;商海红;刘爱英;龚举武;石玉真;李俊文;巩万奎;葛群. 一种新型棉花收花计数器. 2015年11月11日. 国家实用专利. ZL 201520458169.1
(2)李付广;刘传亮;武芝侠;李凤莲;张雪妍;商海红;张朝军;孔德培;王倩华;王玉芬;杨金水;孙凡;祁魏巍;钱晓茵;罗小金. csRRM2基因及其在棉花性状改良上的应用. 国家发明专利. 2013年8月14日. ZL 201080011070.7
(3)袁友禄;石玉真;李俊文;商海红;刘爱英;龚举武;张金凤;葛瑞华;龚万奎;王涛. 鉴定优质抗虫杂交棉中棉所70品种真实性和/或品种纯度的SSR分子标记方法. 国家发明专利. 2014年5月28日. ZL 201210009203.8.
(4)巩万奎,商海红,张震,范森淼,袁有禄,石玉真,葛群,刘爱英,龚举武,李俊文. 陆地棉4号染色体与纤维强度相关的SNP标记,申请号:201710097731.6.
(5)商海红,巩万奎,范森淼,张震,袁有禄,石玉真,霍鹏,葛群,刘爱英,龚举武,李俊文. 陆地棉6号染色体与纤维强度相关的SNP标记,申请号:201710097602.5.
(6)商海红,巩万奎,范森淼,张震,袁有禄,石玉真,吴东,葛群,刘爱英,龚举武,李俊文. 陆地棉25号染色体与纤维强度相关的SNP标记,申请号:201710097667.1.
(7)张震,范森淼,商海红,邹先炎,巩万奎,李俊文,石玉真,刘爱英,刘纪生,范李强,霍鹏,张敏,葛群,龚举武,袁有禄. 一种与陆地棉7号染色体纤维强度相关的单体型,申请号:201711477754.6.

7、获得奖励
(1)2016年入选中国农科院“科研英才培育工程”院级入选者

8、联系方式
(1)邮箱:shh9119@163.com
(2)通讯地址:河南省郑州市高新技术产业开发区科学大道157号